שגיא החל את דרכו ביחידה ללוחמה בטרור כחייל למופת, ומהר מאוד הפך למפקד בולט שהיה מוכר בזכות מקצועיות ללא פשרות, מסירות טוטאלית ואנושיות עמוקה. לאחר שיצא לקצונה בבה"ד 1 במחזור הראשון של הקצינים המיועדים, הוא חזר ליחידה כדי להוביל כמפקד מחלקה את מחזור הגיוס החדש. הוא ליווה את הלוחמים לאורך כל מסלול ההכשרה המאתגר בבא"ח כפיר ובבקעת הירדן, ועיצב שם את "צוות שגיא".

​

הפיקוד על צוות במסלול היה עבור שגיא שליחות תובענית שדרשה השקעה אינסופית, במיוחד לאור העובדה שביצע אותה ללא פשרות. הוא הקפיד על הכנות מקצועיות דקדקניות הרבה מעבר לשעות האימונים הרגילות, ותמיד פעל לפי העיקרון המקודש של דוגמה אישית: הוא היה זה שקם ראשון והולך לישון אחרון, מוודא שחייליו אכלו ושבעו לפניו וסוגר איתם שבתות ארוכות בשטח. המנהיגות הטבעית שלו בלטה מהרגע הראשון: הוא הצליח לבנות צוות מגובש שמאמין בעצמו דרך שילוב מדויק של משמעת בריאה, מוטיבציה גבוהה ורגישות אנושית יוצאת דופן, כשהוא מבצע בעצמו כל משימה שביקש מחייליו.

​

עם סיום 14 חודשי ההכשרה הארוכים של הצוות, שגיא קודם לתפקיד סגן מפקד מדור לוט"ר. בתפקידו כסגן, הפך שגיא לחלק בלתי נפרד מהשלד הניהולי והמבצעי של היחידה, כשהוא שותף לקבלת החלטות יחידתיות מהותיות וניהול מערכות הכשרה מורכבות תוך חיבור רציף לשטח. בנוכחותו השקטה ובקור הרוח שאפיין אותו, הוא היה עוגן בסיטואציות מאתגרות והיה חלק אינטגרלי מהתפקוד השוטף ומהפעילות המבצעית של היחידה. שגיא לא רק הכשיר לוחמים מיומנים, אלא בנה אנשים והותיר חותם עמוק על דמותה של היחידה ועל כל מי שזכה לשרת תחת פיקודו.